内镜器械如今在诊疗工作中的的应用非常频繁，自然种类也更多样化，不同种类的器械清洗消毒工序也会有一些不同。近年来关于内镜消毒灭菌工作不良导致的感染暴发时有发生，以消化内镜来说，其使用频率高、周转快，再加上材质特殊、结构复杂、管腔多自然清洗难度也就大。内镜清洗工作站虽然是专门针对内镜清洁的系统，但各设备的应用要求不同、内镜的结构不同，所以消息效果也就有差异。

内镜清洗消毒工作，其中的问题首先在内镜自身，其后就是内镜清洗工作站。多数情况下清洗不良的器械多是因为管腔系统、屈曲部位及连接交界处难清洗，送气送水管腔太小，无法确认管腔内部清洗效果。彻底的清洗消毒自然是非常重要的，除了各连接部位，内镜导管套圈、内镜注射器、乳头切开器等附件同样具有消毒不良问题。在实际进行内镜自动清洗消毒机清洁前内镜器械要进行预处理，然后才会进入内镜清洗工作站，这是为了尽可能避免器械表面形成生物膜，内镜表面和管道的血液、黏液如不及时擦拭清理会导致蛋白凝固堵塞孔道，影响消毒剂消毒质量，影响下一步的清洗消毒。